第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗...

某晚，供职于普林斯顿大学的太空微生物学教授海伦•本森（Jennifer Connelly 饰）被警察和几名神秘人物带走，与她一同前往新泽西林伍德军校的还有业界内无数顶尖科学家。原来，NASA在探测外太空时发现有一不明物体正飞速接近地球。不久，一个闪耀着白色光芒的物体莅临曼哈顿上空，并降落在纽约公园中央，百姓、科学家和军方将其团团围住。稍顷，一个与人类身形极其相似的外星人（基努•里维斯 Keanu ...