哥哥廣西眼看平常只在家玩的妹妹三木十分不高興，於是拜託平時很熟悉的後輩肖塔進行課外輔導。受到廣西之託，幫助三木進行課後輔導的肖塔，逐漸陷入三木美麗可愛的魅力中...

故事开端为第一季故事的七年之后。　　高达模型对战的规则被革新，亦令其对战更受欢迎。　　虽然伊织诚和岭司得到第7回敢达模型对战世界大赛的冠军，也令学校圣凤学园沾光不少。不过，其“高达模型对战部”就只剩下部长—国中部3年级学生·星野文奈一人。　　在新比赛规则底下，如果要参加比赛必须以3人1组的参与战斗。而圣凤学园高达模型对战部郤因为人数不足的情况下难以出场。　　在偶然的之间，出现了一名转校生，就是跟随...

2000年。在长野山中的九郎岳，正在进行某座神秘遗迹的挖掘工作，遗迹内的一具棺木中藏有一个佩戴石化腰带的古尸。　　孰不知当调查团将棺木开启时，亦因此唤醒了它的死敌『古郎基』。调查团立即遭到未确认生命体的袭击而全数死亡。而在为了查出调查团被杀案件的线索，正在遗迹现场调查中的长野县刑警一条薰面前，有一名青年突然擅自闯入。这名被一条拦下的青年，他自称为冒险家五代雄介。　　终于复活的未确认生命体在长野近郊...