1960年代中期的一个夏天，《誓言无声》的故事已经过去三年了。原子弹爆炸成功以后，我国核导弹的研制也已经进入了最后阶段。敌对势力对此极为关注。台湾安全委员会所属的101和102两个特务机关，分别积极进行空中侦察和渗透破坏活动。反间谍总部受命在此期间务必采取有效措施，打击特务活动，确保核导弹研制工作的安全……...

故事发生在1948年，特别调查局要员俞北平（陈建斌 饰）被上级调往青城，奉命调查发生在那里的命案，可实际上，俞北平的真实身份正遭到上级的调查和怀疑，他时时刻刻都处于危险之中。在青城，俞北平遇见了名为林莎（齐溪 饰）的女子，身为美军中尉的她，其真实身份其实是俞北平失散多年的女儿。 　　俞北平还有一个小女儿名为徐丹妮（朱颜曼滋 饰），此时正在青城上大学的她被卷入了和已婚大学教授的不伦之恋之中无法自拔...